Lê Hiến Tông được mô tả là một vị hoàng đế thông minh, nhân từ và ôn hòa. Thường sau khi bãi triều, Hiến Tông ra ngồi nói chuyện với các bá quan và sĩ đại phu, hỏi han về việc hay dở, được mất của chính sự, dùng lời nói dịu dàng, nét mặt tươi vui để dẫn dắt cho họ nói ra. Cho nên vua biết rõ tình người bên dưới, gạt bỏ sự che đậy giấu giếm. Bề tôi có lỗi lầm gì, ông khuyên bảo, quở trách nhẹ nhàng, chứ không gắt mắng hay đánh roi làm nhục bao giờ. Ông luôn biết cách sắp đặt công việc nên nhàn hạ ung dung, chưa bao giờ to tiếng, giận dữ mà thiên hạ đều răm rắp tuân theo. Hoàng đế thường nói rằng:

“

Thánh Tổ ta đã gây dựng nên cơ đồ, vua cha ta đã sửa sang mọi việc, ta nay chỉ nên lo giữ gìn nếp cũ, và mở mang sự nhân chính ra cho sáng rõ công đức của ông cha trước.[2]

”

Ông là người chú trọng chăm sóc bảo vệ đê điều, đào sông, khai ngòi, đắp đường, trông coi việc nông trang làm ruộng, trồng dâu, nuôi tằm v.v... Ông cũng chú ý đến việc giáo dục quan lại chống thói quan liêu và tham nhũng. Những việc chính trị đều theo như đời Hồng Đức chứ không thay đổi gì cả.

Hiến Tông sai sứ đi khắp bốn phương, truy xét những người nghèo túng, già yếu còn trong quân ngũ thì thải cho về, những người chịu thuế khoá và phục dịch công trình quá nặng thì giảm nhẹ cho; tha những kẻ lầm lỡ, xét rõ người oan khuất, bổ dùng kẻ mất chức, khen thưởng người có công; tha nợ thuế, nới hình phạt, nêu gương người tiết nghĩa, giúp đỡ kẻ côi cút, người đói nghèo, cất nhắc người liêm khiết, tiến cử bậc hiền tài, trong ngoài ai cũng thoả lòng.

Thời Hiến Tông, ở Nghệ An và Thuận Hoá, có bọn trộm cướp nổi lên, quận bên cạnh đánh dẹp không yên được. Thay vì đem quân trấn áp, Hiến Tông ra sắc lệnh cho quan có trách nhiệm, triệt bỏ hết toán lính đi tiễu bắt, chiêu an phủ dụ cho bọn chúng tự ra thú tội, trở lại nghề nghiệp cũ.

Tháng 12 năm Kỷ Mùi (1499), nhà Minh sai hai đoàn sứ, đoàn thứ nhất do Từ Ngọc dẫn đầu sang làm lễ viếng Lê Thánh Tông và đoàn sứ thứ 2 do Lương Chừ, Vương Chuẩn mang sắc phong cho Lê Hiến Tông làm An Nam Quốc vương (安南國王). Đến khi cáo từ, Lương Trừ nói với Đông các đại học sỹ Bùi Nhân của nhà Lê rằng: “Hôm nay được thấy quốc vương tuổi đã lớn, thực là tướng thánh nhân, thực là tướng trường thọ, quả là phúc lớn của sinh linh phương Nam. Sao mà học rộng và ứng tiếp mọi việc nhanh chóng, mẫn tiệp đến thế”.

Ông còn đích thân xem sổ tiền thóc của Hộ tào dâng lên và hỏi các quan tả hữu, biết được tình trạng dự trữ của nhà nước và tư nhân. Từ đấy lại càng để ý đến việc nông tang, tự tay viết sắc lệnh sai các quan thừa hiến, phủ, huyện đi tuần hành khuyên bảo nhân dân đắp đê điều, đào ngòi lạch, khơi bờ ruộng, để phòng hạn, lụt. Lại sai triều thần đi kiểm tra, xem xét những việc đó. Mỗi xã đặt một người xã trưởng hay thôn trưởng chuyên trông nom việc nông tang, lại đem xã quân và nông trưởng đi đốc thúc. Quan bên ngoài ai có việc về Kinh và sứ của triều đình từ ngoài trở về, vua đều cho gọi vào hỏi về mùa màng được hay mất, trăm họ sướng khổ ra sao. Còn lính ở thợ đến phiên thì cứ theo lệ trước, tháng 6, tháng 10 chia một nửa về làm ruộng.

Ngày 16 tháng 3, năm 1498, Hiến Tông có chiếu quy định rằng các quan trong ngoài, người nào không có con mà nuôi con nuôi, đều chiếu theo chức phẩm, cho được tập ấm bổ quan như con đẻ.

Ngày 22 tháng 8, năm 1498, Hiến Tông ra sắc dụ cho Hình bộ, Đình uý ty và các quan xét xử án kiện trong ngoài rằng:

Việc dùng hình ngục quan hệ tới sinh mệnh của dân, sử dụng đạo thì dân thoả lòng, xử trái đạo thì dân chịu hại. Cho nên lời Tượng của Kinh Dịch rất răn việc chậm xử án, Kinh Thư rất xem trọng việc xét trong tù. Thế thì, trong việc tra xét, xử án, há có thể được phép trì hoãn sao! Kể từ nay về sau, Hình bộ, Đình uý ty và các quan xét xử án kiện trong ngoài, hễ thấy những án nào còn nghi ngờ, khó xử, cũng đều phải theo đúng kỳ hạn mà xét xử cho xong. Nếu có ai dám để chậm trễ quá kỳ hạn, thì đến cuối mỗi năm, quan phụ trách cùng Hình bộ, Đề hình giám sát ngự sử, Thanh hình hiến sát sứ ty phải kiểm tra tâu hặc lên để trị tội theo pháp luật. Nếu lấy tình riêng dung túng, không biết tra xét tâu lên, thì cho người có việc kêu lên, đường quan ngự sử đài và thể sát xá nhân xét thực làm bản tâu lên để trị tội. Các quan kể trên không chịu làm đúng lý thì cho người bị hại tâu rõ thực tình sẽ trị tội họ theo luật pháp.

Ngày 24 tháng 5 năm 1501, vua xuống chiếu cho phép xã nào có người nghèo túng, không kể là có ruộng công, ruộng tư hay không, xã trưởng phải làm tờ khai cam đoan trước, quan phủ, huyện khám xét lại, rồi khai vào hạng nghèo túng, cho phép miễn tuyển trong các kỳ tuyển tráng đinh hàng năm.

Lê Hiến Tông cũng tiếp tục duy trì và đưa ra nhiều chính sách khuyến khích và phát triển giáo dục, vốn đã phát triển cực thịnh từ thời Hồng Đức. Ngày 25 tháng 12 năm 1501, ông ra sắc chỉ quy định chi tiết các thể lệ thi Hương cho các tỉnh. Ngoài ra nhằm đảm bảo chất lượng tuyển chọn nhân tài, vua cũng sai các viên giám quan khám xét trường thi, tìm xét mọi dấu vết, xem có chỗ nào cất dấu Thi, Thư và các tài liệu khác. Đến khi các sĩ tử vào trường thi, thì phải khám xét kỹ từ ngoài cửa. Nếu thấy người nào sao chép văn bài mang theo, hoặc là người nào đi thi hộ thì phải bắt ngay người đó đưa ra xét hỏi. Người vi phạm như hạng nói trên bị sung làm quân bản phủ ba năm, suốt đời không được vào trường thi nữa. Đến tháng 2 năm 1502, Hiến Tông cho tổ chức thi Hội các cử nhân trong nước, đích thân ông ra đầu bài văn sách hỏi về đế vương trị thiên hạ.[3]